半岛官网种种迹象表明，新航机师有可能一开始就把05右跑道当成05左跑道使用。熟悉机场作业人士对此感到不可思议，他们指出，航机从停机坪（NP）滑行道滑行到正确的05左跑道，不但地面有标示，滑行道或跑道入口处前方都有大大的指示牌。只要机师遵照指示行进，应该不会发生走错跑道的“乌龙”事件。
熟悉机场作业人士指出，新航客机从NP滑行道滑行进入N1滑行道前BOB·半岛，左边的滑行道旁设有N1滑行道指示牌，坐在左边驾驶座的机长一定可以清楚看到标示。进入N1滑行道再往前滑行，即可看到05右跑道的指示牌，告诉飞行员前面的跑道是05右跑道。再向前滑行，才会看到写着05左跑道的指示牌，以及标示第二类跑道的指示牌。他们认为，虽然跑道上的标示可能会因跑道积水而不易辨认，但航道指示牌都是依照国际民航组织的标准设定BOB·半岛，再大的风雨BOB·半岛，机师也不可能看不清楚。
即使机师线右跑道是目视跑道，跑道中心线左跑道是第二类仪降跑道，按国际民航组织的标准，除跑道中心线是黄白色的灯光，从跑道头延伸900米还有非常明亮的落地灯区。机师从这些灯光的不同，应该可以清楚了解自己所在的跑道位置，实在没有走错的理由。有人也质疑，控制塔台的导航人员为何没有发觉飞机已走错跑道。不过，业内人士指出，塔台人员是以通讯、助导航设施、灯光协助机师了解所在位置，并由机师的无线电通讯确认航机所在位置，并非以目视确定飞机位置。台湾方面认为，根据现有资料，塔台人员已经指示SQ006班机使用05左跑道起飞BOB·半岛，机师也重复无误，结果却走错跑道，这就不能把责任推给控制塔台人员。另外，新航发言人昨天透露，失事的新航SQ006班机机长方志刚（译音）是一名飞行经验相当丰富的机师BOB·半岛，飞行纪录非常优良，而且很熟悉桃园机场的跑道，不太可能进入错误跑道。机长方志刚驾驶宽体型波音747客机累积飞行时数超过2000小时，总飞行时间为11235个小时，经验老到。